Saglabājusies plaša informācija par Sv. Franciska baznīcas interjera izveides vēsturi. Interjers un gandrīz visi iekārtas priekšmeti bija stilistiski vienoti, veidoti neogotikas stilā. Centrālais altāris, abi sānu altāri un biktskrēsli bija izgatavoti arhitektu, kokgriezēju un gleznotāju mākslinieciskā salonā (poļu valodā: salon artystyczny) Varšavā. Kancele bija veidota no betona pēc baznīcas ēkas projekta autora, inženiera F. fon Viganovska projekta pēc “Monier” sistēmas. Baznīcēnu soli izgatavoti Rīgas Vagonu fabrikā. Baznīcas torņu smaiļu noslēgumu kalumus un arī atslēdznieka darbus veicis meistars Bergmanis, kroņlukturi, svečturus un balustrādi darinājis atslēdzniekmeistars V. Gablenzs. Dekoratīvās glezniecības darbus veica meistars F. Petrišče. Baznīcas neogotisko iekārtu papildināja vairāki feretroni, no Parīzes atvestās Krusta ceļa gleznas (gleznojums uz cinka skārda ar eļļas krāsām; neogotiskie rāmji izgatavoti Krakovā). Grīdai velmētās cementa plāksnes sagādāja J. Valters.
Stiklinieka darbus izpildīja A. Sokolovskis un Bergmanis kopā ar grāfienes M. Ļubenskas darbnīcu “Sv. Lūkass”, kas izpildīja gleznojumus uz stikla (patronu – aizstāvju, aizbildņu gleznas), ziedotāju ģerboņus izdedzināja meistars Bergmanis.
Baznīcas telpā vitrāžas bija šādā kārtībā:
- Sv. Kazimers, ko dāvinājis J. Stuļginskis;
- Sv. Jēkabs, ko dāvinājusi Sivenkovsku ģimene;
- Sv. Antons, ko dāvinājis I. Pucunevičs;
- Sv. Jānis Kristītājs, ko dāvinājuši I. un M. Žitkeviči;
- Sv. Adalberts (Vojceh), ko dāvinājušas M. Kozeļska-Oginska un M. Skoršvecka-Oginska;
- Sv. Emīlija, ko dāvinājuši E. Ščita un M. Šemiota;
- Sv. Jāzeps, ko dāvinājuši E. Ščita un M. Šemiota;
- Sv. Leons, pāvests, ko dāvinājis Leons Mikuličs;
- Sv. Lucija, ko dāvinājuši L. fon Rautenfelds, Bedrscika;
- Sv. Česlavs, ko dāvinājis arhitekts F. Fon Viganovskis;
- Sv. Staņislavs Kostka, ko dāvinājusi Soltanovu ģimene;
- Sv. Kristīne, ko dāvinājuši E. un K. Bingi;
- Sv. Staņislavs, bīskaps, ko dāvinājušas M. Šemiota un E. Ščita ģimenes.
Torņu vitrāžas bija šādā secībā:
- Sv. Aleksandrs, pāvests, ko dāvinājis Aleksandrs Tomaševičs;
- Sv. Felikss, ko dāvinājis A. Rotertovs;
- Sv. Miķelis ercenģelis, ko dāvinājuši E. Ščita un M. Šemiota;
- Sv. Sofija, dāvinātājs nav zināms.
Virs ērģelēm bija 7 vitrāžas (rozes logā), bet vidū Sv. Florians, ko baznīcai 15 gadu konsekrācijas atcerei dāvināja komitejas un poļu labdarības biedrības locekļi. Visa iekšējā iekārta līdz sīkumam atbilda stila prasībām. Bija projektēta sienu un velvju polihromēšana, kā arī svēto figūrām un ozola altāriem.
Baznīcas būvniecības izdevumi bija paredzēti 65 000 rubļu apmērā, bet kopā ar divstāvu gotiskās stila dzīvojamās mājas būvi un iekārtu sastādīja 85 000 rubļu. Tāda pati ēka plānā bija paredzēta arī otrā pusē.